Он был заместителем премьер-министра – министром торговли и интеграции РК с января по август 2022 года.

Бахыт Султанов назначен членом Коллегии по конкуренции и антимонопольному регулированию Евразийской экономической комиссии. В его компетенцию войдут вопросы антимонопольного регулирования и конкуренции на трансграничных рынках Евразийского экономического союза.

Бахыт Султанов с 2003 по 2006 год работал вице-министром экономики и бюджетного планирования Республики Казахстан. В 2006-2007 годах — председатель Агентства по статистике, вице-министр финансов, министр экономики и бюджетного планирования.

В период с 2010 по 2013 год занимал должности помощника президента, заместителя руководителя администрации президента Республики Казахстан. С 2013 по 2018 год — заместитель премьер-министра и министр финансов. С 2018 по 2019 год занимал пост акима Астаны.

С июня 2019 по январь 2022 года работал министром торговли и интеграции Казахстана. С января занимал пост заместителя премьер-министра — министра торговли и интеграции.

14 июля на расширенном заседании правительства Бахыт Султанов получил выговор от президента за дефицит сахара и ажиотаж при его реализации. А 15 августа Бахыт Султанов был освобожден от должности заместителя премьер-министра – министра торговли и интеграции Казахстана.